En este segundo volumen se ordenan las especies descritas de hongos presentes en Chile en capítulos de sustratos, dependiendo de dónde crece cada uno de ellos. Luego, dentro de cada capítulo, los hongos están ordenados por morfotipo, es decir, por su apariencia.
A diferencia de la Guía de Campo Hongos de Chile Volumen I, contiene detalles microscópicos de las especies.
Las observaciones han sido realizadas por la micóloga de campo Giuliana Furci en la mayoría de los casos. Sin embargo, todas las medidas y detalles están acompañadas de referencias para facilitar el estudio de las especies.